Молоко от здоровой коровы изначально содержит очень мало бактерий, которые в основном попадают на кожу коровы и в процессе обработки молока. Молоко является прекрасной средой для роста многочисленных бактерий, и их количество может быстро увеличиваться, если молоко не обрабатывать должным образом. Рост бактерий может испортить молоко или даже создать серьезную угрозу здоровью, если в нем присутствуют патогенные бактерии.
Болезни, которые могут передаваться от зараженной коровы, включают туберкулез (Mycobacterium tuberculosis), ундулянтную лихорадку (Brucella abortus) и лихорадку Ку (Coxiella burnetii). Кроме того, брюшной тиф (Salmonella typhi) может передаваться через молоко от инфицированного обработчика молока. Процедура пастеризации повышает температуру молока до 63 °C (145 °F) в течение 30 минут или до 71 °C (160 °F) в течение 15 секунд, что убивает все патогенные бактерии, которые могут присутствовать, хотя эти процедуры не убивают все микроорганизмы.
Определенные бактерии превращают молоко в полезные молочные продукты, такие как пахта, йогурт и сыр. Коммерческая пахта готовится из молока, инокулированного закваской лактококков (обычно L. lactis или L. lactis cremoris). Йогурт и другие кисломолочные продукты производятся аналогичным образом с использованием различных культур бактерий. Многие сыры также производятся под воздействием бактерий. Рост в молоке кислотообразующей бактерии, такой как L. lactis, приводит к выпадению казеина в виде творога. После удаления влаги и добавления соли творог созревает под воздействием других микроорганизмов.
Различные бактерии придают продуктам различные вкусовые качества и свойства; например, смесь Lactobacillus casei, Streptococcus thermophilus и Propionibacterium shermanii отвечает за созревание швейцарского сыра и образование его характерного вкуса и крупных пузырьков газа. Кроме того, Brevibacterium linens отвечает за вкус сыра Лимбургер, а плесени (виды Penicillium) используются при производстве сыров Рокфор и Камамбер. Другие виды бактерий давно используются в приготовлении и сохранении различных продуктов питания, полученных путем бактериальной ферментации, включая маринованные продукты, квашеную капусту и оливки.
Токсины многих патогенных бактерий, которые передаются в продуктах питания, могут вызвать пищевое отравление при попадании в организм. К ним относятся токсин, вырабатываемый Staphylococcus aureus, который вызывает быстрое, тяжелое, но ограниченное желудочно-кишечное расстройство, или токсин Clostridium botulinum, который часто приводит к летальному исходу. Производство токсина ботулизма может происходить в консервированных некислых продуктах, которые были не полностью приготовлены перед герметизацией. C. botulinum образует термостойкие споры, которые могут прорастать в вегетативные бактериальные клетки, процветающие в анаэробной среде, что благоприятствует производству их чрезвычайно мощного токсина.
Другие инфекции пищевого происхождения передаются от инфицированного работника пищеблока, включая брюшной тиф, сальмонеллез (Salmonella species) и шигеллез (Shigella dysenteriae).